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中國科學(xué)院系統(tǒng)科學(xué)研究所1979年10月成立。我國著名科學(xué)家關(guān)肇直院士、吳文俊院士、許國志院士為主要?jiǎng)?chuàng)始人。關(guān)肇直院士為首任所長。繼任所長成平研究員、陳翰馥院士、郭雷院士，現(xiàn)任所長高小山研究員，副所長張紀(jì)峰研究員，所長助理?xiàng)顣怨庋芯繂T。

　　系統(tǒng)科學(xué)研究所以多學(xué)科交叉為特點(diǎn)，在系統(tǒng)控制、數(shù)學(xué)機(jī)械化、系統(tǒng)運(yùn)籌與管理、統(tǒng)計(jì)與科學(xué)計(jì)算、復(fù)雜系統(tǒng)以及某些近代數(shù)學(xué)分支等多個(gè)學(xué)科領(lǐng)域的研究具有鮮明的特色和突出的優(yōu)勢。

　　1998年12月系統(tǒng)科學(xué)研究所與其他三個(gè)數(shù)學(xué)類研究所(數(shù)學(xué)所、應(yīng)用數(shù)學(xué)所、計(jì)算數(shù)學(xué)與科學(xué)工程計(jì)算研究所)整合組建了數(shù)學(xué)與系統(tǒng)科學(xué)研究院，并進(jìn)入了 中國科學(xué)院知識(shí)創(chuàng)新工程。系統(tǒng)科學(xué)研究所逐漸成為單純的學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)。其整體實(shí)力雄厚，在65名科研人員中，中國科學(xué)院院士5人，中國工程院院士1人，研究員 33人。

　　系統(tǒng)科學(xué)研究所共有七個(gè)博士點(diǎn)，分別分布在數(shù)學(xué)、系統(tǒng)科學(xué)、管理科學(xué)與工程三個(gè)一級(jí)學(xué)科中。系統(tǒng)科學(xué)研究所也是首批被國家批準(zhǔn)的具有博士后流動(dòng)站的單位之一，現(xiàn)有數(shù)學(xué)、系統(tǒng)科學(xué)、管理科學(xué)與工程三個(gè)博士后流動(dòng)站。

　　系統(tǒng)科學(xué)研究所學(xué)術(shù)活動(dòng)活躍，多次組織大型國際學(xué)術(shù)會(huì)議。全國性一級(jí)學(xué)會(huì)中國系統(tǒng)工程學(xué)會(huì)掛靠我所，歷屆理事長均由系統(tǒng)科學(xué)所科研人員擔(dān)任。由我所主辦的 《系統(tǒng)科學(xué)與數(shù)學(xué)》刊物和系統(tǒng)工程學(xué)會(huì)會(huì)刊 《系統(tǒng)工程理論與實(shí)踐》在國內(nèi)有著重要影響。2001年又創(chuàng)辦了新的英文刊物 "J. of Systems Science and complexity"。

　　系統(tǒng)科學(xué)研究所與國內(nèi)外許多學(xué)術(shù)團(tuán)體和機(jī)構(gòu)保持密切聯(lián)系，并在其中發(fā)揮著重要作用。所內(nèi)有20余位研究人員在國內(nèi)外近40個(gè)重要學(xué)術(shù)組織和學(xué)會(huì)中任職，30余位研究人員在國內(nèi)外幾十種重要學(xué)術(shù)刊物上任編委、執(zhí)行編委、副主編、顧問等職。