藥物分析學系目前為藥學本科生及生命科學院基地班開設(shè)的課程有:藥物分析、化學分析、儀器分析、物理化學、體內(nèi)藥物分析。為成人教育開設(shè)的課程有:藥物分析、化學分析、儀器分析。為研究生開設(shè)的課程有:現(xiàn)代色譜技術(shù)、生物藥物分析、現(xiàn)代藥物分析選論、近代儀器分析基礎(chǔ)、體內(nèi)藥毒物的分離和檢測、化學發(fā)光在藥物和DNA分析中的應(yīng)用、熒光分析技術(shù)在生物領(lǐng)域中的應(yīng)用、微流控芯片技術(shù)。其中，《儀器分析》為復(fù)旦大學精品課程；《藥物分析》為上海市重點建設(shè)課程及上海市精品課程。
本學科一直重視研究生的培養(yǎng)和教育工作,已培養(yǎng)碩士、博士研究生及博士后100余名,其中3人獲"上海市優(yōu)秀博士畢業(yè)生"稱號;2人榮獲"上海市優(yōu)秀碩士論文";1人榮獲"教育部博士研究生學術(shù)新人獎"；1人榮獲國家獎學金。
學科培養(yǎng)人才和就業(yè)趨勢主要為:高等院校和科研院所、國內(nèi)外著名企業(yè)新藥研發(fā)中心、大型醫(yī)院臨床藥學研究中心和藥劑科、藥檢所、藥監(jiān)局等從事分析化學和藥物分析相關(guān)領(lǐng)域的研究、開發(fā)及行政監(jiān)管等工作,具有良好的就業(yè)現(xiàn)狀和廣闊的就業(yè)前景。