學院前身是成立于2001年的南京大學管理科學與工程研究院，2003年撤研究院成立工程管理學院。目前，學院擁有管理科學與工程一級學科博士學位授予點和博士后流動站及控制科學與智能工程二級學科博士點（學校自設），管理科學與工程學科也是江蘇省重點學科，其中“計算管理科學與商務智能”交叉學科方向入選江蘇省優(yōu)勢學科序列。學院還擁有工程管理、金融碩士和控制工程三個專業(yè)碩士學位授予點，同時設置有工業(yè)工程、金融工程、自動化三個本科專業(yè)，形成了本科生、碩士、博士研究生完整的人才培養(yǎng)體系。自成立以來，學院吸引了一批海內(nèi)外優(yōu)秀學者，形成了一支年富力強、積極進取、團結(jié)奮進的教師隊伍。學院現(xiàn)有專任教師50余人，平均年齡在40歲以下，大多數(shù)教師在國內(nèi)外著名高校獲得博士學位且擁有海外留學、進修和訪問經(jīng)歷，學院教師學緣結(jié)構(gòu)多樣，學風嚴謹包容。
學院基于學科交叉優(yōu)勢，始終將人才培養(yǎng)作為立院之本，提出“管理—控制一體化”學科融合發(fā)展的新思路，并將其融入到人才培養(yǎng)的知識體系中。學院致力于培養(yǎng)國際視野廣闊、基礎(chǔ)理論扎實、知識領(lǐng)域?qū)拸V、工程實踐能力強，具有創(chuàng)新精神的復合型高級工程技術(shù)和管理人才。學院辦學特別注重國際化合作與交流，與牛津大學、普渡大學、滑鐵盧大學、新加坡國立大學、科廷大學、魯爾-波鴻大學、法蘭克福金融管理學院等院校簽署了人才聯(lián)合培養(yǎng)協(xié)議。近年來，學院本科生、研究生連續(xù)在學科頂級期刊上發(fā)表論文；學生多人次獲得美國（國際）大學生數(shù)學建模競賽（MCM/ICM）大獎，其中特等獎3項、一等獎9項，獲獎總數(shù)居全校第一；連續(xù)7年獲得“中國教育機器人大賽”特等獎；畢業(yè)生創(chuàng)業(yè)項目獲首屆中國“互聯(lián)網(wǎng)+大學生創(chuàng)新創(chuàng)業(yè)大賽”金獎。學院現(xiàn)有在校本科生、碩士、博士研究生1200余人。本科生海內(nèi)外升學率接近80%，研究生就業(yè)率連續(xù)多年100%，主要就職于互聯(lián)網(wǎng)行業(yè)、智能制造業(yè)、金融業(yè)、國際貿(mào)易、物流供應鏈和高新科技企業(yè)等。
學院注重精研學術(shù)和科技創(chuàng)新，在工程技術(shù)、經(jīng)濟金融和工程管理領(lǐng)域取得了許多重要成果。學院先后承擔國家自然科學基金重大項目、國家杰出青年科學基金項目、國家社會科學基金重大項目、國家自然科學基金重點項目、國家自然科學基金面上項目、青年項目等100余項，以及橫向科研項目300余項，科研經(jīng)費總額超億元。2014-2018年間，學院教師在國內(nèi)外核心刊物發(fā)表論文近700篇，其中ESI高被引論文6篇，SCI、SSCI、EI、CSSCI收錄550余篇，包括Management Science，Operations Research, Production and Operation Management, Mathematical programming, Transportation research-B，Journal of Financial Economics ，MIS Quarterly ，IEEE Transactions on Automatic Control，IEEE Transactions on Cybernectics ， IEEE Transactions on Systems, Man, and Cybernectics：Systems，IEEE Transactions on Neural Networks and Learning Systems；以及《管理科學學報》，《管理世界》，《經(jīng)濟研究》，《自動化學報》等國內(nèi)外一流學術(shù)期刊；同時，學院還獲得各類獎項20余項，其中包括教育部科學技術(shù)進步一等獎1項，教育部高等學?？茖W研究優(yōu)秀成果獎自然科學二等獎和人文社會科學二等獎各1項，工信部國防科技進步一等獎和中國兵器工業(yè)科技進步一等獎各1項，江蘇省哲學社會科學優(yōu)秀成果一等獎3項，中國物流與采購聯(lián)合會科學技術(shù)進步獎一等獎2項等。國家杰出青年科學基金獲得者肖條軍教授連續(xù)5年入選Elsevier發(fā)布的中國高被引學者榜單（決策科學）。
　　學院著力服務于國家和地方經(jīng)濟社會建設的重大需求，為各行各業(yè)輸送了大量的高端人才，并積極推進科技成果向現(xiàn)實生產(chǎn)力轉(zhuǎn)化。學院先后承擔了一系列國家重大基礎(chǔ)設施工程建設管理咨詢與研究工作，包括囊括了四個世界第一的蘇通大橋，跨境投資逾千億級的港珠澳大橋，以及無錫地鐵、廣樂高速、灌河大橋等工程；在投融資與金融服務領(lǐng)域，學院長期與中國證監(jiān)會、上海證券交易所、中國金融期貨交易所等機構(gòu)聯(lián)合開展中國資本市場研究和政策咨詢；此外，學院還承擔了多個重大國防項目，為國家國防事業(yè)的發(fā)展做出了積極貢獻。
　　學院設有多個國家級、省級和校級研究基地和中心，為學科建設、人才培養(yǎng)提供了良好的支撐條件和環(huán)境。目前，學院擁有國家級社會經(jīng)濟環(huán)境系統(tǒng)虛擬仿真教學實驗中心，設有江蘇省物流技術(shù)工程中心、江蘇省重點物流研究基地、江蘇省科技金融思想庫、江蘇省管理-控制一體化實驗教學示范中心，以及南京大學社會科學與大數(shù)據(jù)計算實驗中心和南京大學-牛津大學金融創(chuàng)新研究院等。同時，學院高度重視開放型、國際化的高端學術(shù)平臺建設，匯聚海內(nèi)外學者大師、高水平研究團隊、業(yè)界專家，共同致力于知識創(chuàng)新，服務經(jīng)濟社會發(fā)展需求。
　　工程管理學院全體師生誠邀海內(nèi)外優(yōu)秀人才，同襄共舉，共謀發(fā)展。

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