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在特種醫(yī)學(xué)學(xué)科下設(shè)6個研究方向：1. 航空與航天醫(yī)學(xué)；2. 航海與潛水醫(yī)學(xué)；3. 放射與輻射醫(yī)學(xué)；4. 運(yùn)動醫(yī)學(xué)；5. 職業(yè)病學(xué)；6. 法醫(yī)學(xué)。
1. 航空與航天醫(yī)學(xué)
航空與航天醫(yī)學(xué)是研究在航空、航天特殊環(huán)境下人體所出現(xiàn)的各種醫(yī)學(xué)問題的一門交叉邊緣學(xué)科。其主要任務(wù)是為發(fā)展我國航空、航天事業(yè)提供相關(guān)的醫(yī)學(xué)和（或）生命科學(xué)方面的理論和技術(shù)保障；培養(yǎng)高素質(zhì)航空、航天醫(yī)學(xué)事業(yè)的專業(yè)技術(shù)人才；研究航空、航天對人體健康的影響機(jī)制，以及相應(yīng)疾患的預(yù)防、診斷和治療，并提出防護(hù)措施，以保障作業(yè)人員與乘員在健康、安全、舒適的環(huán)境下工作。
航空與航天醫(yī)學(xué)學(xué)科主要研究方向有航空航天生理學(xué)、航空航天生物動力學(xué)、航空航天心理學(xué)、航空航天工效學(xué)、航空航天臨床醫(yī)學(xué)、航空航天衛(wèi)生學(xué)、航空航天醫(yī)學(xué)工程等。
2. 航海與潛水醫(yī)學(xué)
航海醫(yī)學(xué)是研究航海條件下人體各種醫(yī)學(xué)問題的學(xué)科，它是醫(yī)學(xué)科學(xué)與航海科學(xué)相互融合的一門學(xué)科，是醫(yī)學(xué)科學(xué)在航海條件下的具體應(yīng)用。航海醫(yī)學(xué)就是研究航海條件下，引起航海從業(yè)人員的生理、心理反應(yīng)和病理變化，以及相關(guān)疾病的發(fā)生、發(fā)展規(guī)律、診斷和防護(hù)以及治療措施的學(xué)科。
潛水醫(yī)學(xué)主要研究和解決潛水作業(yè)過程中人體的各種醫(yī)學(xué)問題，主要研究人體在水下和高壓環(huán)境中以及潛水作業(yè)時的生理反應(yīng)和病理變化，潛水疾病的防治，潛水作業(yè)中的衛(wèi)生學(xué)要求和醫(yī)學(xué)保健技術(shù)措施，潛水器具和裝備的研制以及醫(yī)學(xué)生理學(xué)的鑒定等的評價。
航海與潛水醫(yī)學(xué)學(xué)科主要研究方向有航海衛(wèi)生學(xué)、航海流行病學(xué)、航海心理學(xué)、潛水生理學(xué)與醫(yī)學(xué)、潛艇醫(yī)學(xué)、高壓生理學(xué)與醫(yī)學(xué)等。
3. 放射與輻射醫(yī)學(xué)
放射與輻射醫(yī)學(xué)是一門醫(yī)學(xué)綜合學(xué)科，與核物理、輻射化學(xué)、臨床醫(yī)學(xué)等緊密相關(guān)。主要研究電離輻射生物效應(yīng)及機(jī)制，輻射對人體損傷的病理機(jī)制、診治及防護(hù)。包括人體在接觸放射與輻射源或接受醫(yī)療照射治療過程中對職業(yè)照射人員和患者等的防護(hù)，放射與輻射裝置包括發(fā)電用壓水反應(yīng)堆的安全與防護(hù)，輻射監(jiān)測、放射性廢物的安全管理，職業(yè)照射人員的健康管理，核武器襲擊的防護(hù)等。
隨著我國核能事業(yè)的發(fā)展，特別是核能由國防重點(diǎn)轉(zhuǎn)向和平利用，射線和輻照技術(shù)得到廣泛應(yīng)用。從分子、細(xì)胞和整體水平研究輻射效應(yīng)，闡明危害機(jī)理，提出有效防護(hù)措施是當(dāng)前放射與輻射醫(yī)學(xué)學(xué)科發(fā)展的主要內(nèi)容。
放射與輻射醫(yī)學(xué)學(xué)科主要研究方向有放射生物學(xué)、生物物理學(xué)、輻射血液學(xué)、輻射免疫學(xué)、輻射遺傳學(xué)、放射毒理學(xué)、輻射劑量學(xué)、放射流行病學(xué)、放射病臨床醫(yī)學(xué)、放射治療學(xué)、輻射防護(hù)藥和增敏藥的藥物藥理學(xué)等。
4. 運(yùn)動醫(yī)學(xué)
運(yùn)動醫(yī)學(xué)主要是研究運(yùn)動和缺乏運(yùn)動給人體帶來的生理學(xué)、病理學(xué)問題以及與競技運(yùn)動有關(guān)的醫(yī)學(xué)問題。從醫(yī)學(xué)角度闡明體力活動及靜態(tài)生活方式對健康的影響以及在各種慢性疾病病因?qū)W中的作用，為一些常見疾病的預(yù)防、治療和康復(fù)研究提供醫(yī)學(xué)手段，以達(dá)到增強(qiáng)體質(zhì)、促進(jìn)健康的目的。同時，運(yùn)用醫(yī)學(xué)知識和技術(shù)對競技運(yùn)動參加者進(jìn)行醫(yī)學(xué)監(jiān)督和指導(dǎo)，防治運(yùn)動傷病，保障運(yùn)動參加者的健康，增強(qiáng)體質(zhì)和提高運(yùn)動成績。
運(yùn)動醫(yī)學(xué)學(xué)科的主要研究方向有運(yùn)動醫(yī)務(wù)監(jiān)督、運(yùn)動損傷、運(yùn)動營養(yǎng)學(xué)、醫(yī)療體育、運(yùn)動康復(fù)及運(yùn)動傷病的體育防治等。
5. 職業(yè)病學(xué)
職業(yè)病學(xué)是研究特殊勞動環(huán)境對職業(yè)人群健康的影響和如何改善勞動條件的一門特殊學(xué)科。主要研究企業(yè)、事業(yè)單位和個體經(jīng)濟(jì)組織內(nèi)的職業(yè)人群在職業(yè)活動中，因接觸粉塵、放射性物質(zhì)和其他有毒、有害物質(zhì)等因素而引起的疾病。其主要任務(wù)是識別、評價、預(yù)測和控制特殊勞動條件對職業(yè)人群健康的影響。
職業(yè)病學(xué)學(xué)科主要研究方向有粉塵與塵肺、物理因素引起的職業(yè)病、生物因素引起的職業(yè)病、職業(yè)中毒、職業(yè)性放射性疾病、職業(yè)性腫瘤、職業(yè)性皮膚病等。
6. 法醫(yī)學(xué)
法醫(yī)學(xué)是應(yīng)用醫(yī)學(xué)及其他自然科學(xué)的理論與方法，研究并解決立法、偵查、審判實(shí)踐中涉及的醫(yī)學(xué)問題的一門科學(xué)。法醫(yī)學(xué)是一門聯(lián)結(jié)醫(yī)學(xué)與法學(xué)的應(yīng)用交叉醫(yī)學(xué)學(xué)科，兼具自然科學(xué)和社會科學(xué)的雙重屬性。
法醫(yī)學(xué)為制定法律提供科學(xué)依據(jù)，為偵查、審判提供客觀的實(shí)驗(yàn)證據(jù)。法醫(yī)學(xué)分為基礎(chǔ)法醫(yī)學(xué)和應(yīng)用法醫(yī)學(xué)兩部分，前者研究法醫(yī)學(xué)的基本原理、基礎(chǔ)理論與技術(shù)，后者是運(yùn)用法醫(yī)學(xué)的理論和方法，解決司法、立法和行政管理上的有關(guān)問題，包括受理諸如傷害、死亡、交通事故、親子鑒定等案件的醫(yī)學(xué)鑒定、醫(yī)療糾紛等與法律有關(guān)的醫(yī)學(xué)問題，以及臟器移植、現(xiàn)代生殖技術(shù)所涉及的法律和社會問題。另外，通過對非正常死亡的尸體檢驗(yàn)，有助于發(fā)現(xiàn)傳染病等疾病、明確中毒和災(zāi)害事故的原因，實(shí)施有效的防治及行政處理。
法醫(yī)學(xué)學(xué)科主要研究方向有法醫(yī)倫理學(xué)、法醫(yī)病理學(xué)、臨床法醫(yī)學(xué)、法醫(yī)物證學(xué)、法醫(yī)血清學(xué)、法醫(yī)人類學(xué)、法醫(yī)牙科學(xué)、法醫(yī)化學(xué)、法醫(yī)放射學(xué)、法醫(yī)毒物學(xué)、法醫(yī)精神病學(xué)、法醫(yī)昆蟲學(xué)、醫(yī)學(xué)法學(xué)等。

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