南方醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院導(dǎo)師：余光創(chuàng)

發(fā)布時(shí)間：2021-11-20 編輯：考研派小莉推薦訪問(wèn)：

南方醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院導(dǎo)師：余光創(chuàng)內(nèi)容如下，更多考研資訊請(qǐng)關(guān)注我們網(wǎng)站的更新！敬請(qǐng)收藏本站，或下載我們的考研派APP和考研派微信公眾號(hào)（里面有非常多的免費(fèi)考研資源可以領(lǐng)取，有各種考研問(wèn)題，也可直接加我們網(wǎng)站上的研究生學(xué)姐微信，全程免費(fèi)答疑，助各位考研一臂之力，爭(zhēng)取早日考上理想中的研究生院校。）

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南方醫(yī)科大學(xué)基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院導(dǎo)師：余光創(chuàng) 正文

[導(dǎo)師姓名]
余光創(chuàng)

[所屬院校]
南方醫(yī)科大學(xué)

[基本信息]
導(dǎo)師姓名：余光創(chuàng)
性別：
人氣指數(shù)：3498
所屬院校：南方醫(yī)科大學(xué)
所屬院系：基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)院
職稱：教授
導(dǎo)師類型：博導(dǎo)
招生專業(yè)：生物信息學(xué)
研究領(lǐng)域：生物信息學(xué)生物信息學(xué)

[通訊方式]
電子郵件：gcyu@connect.hku.hk

[個(gè)人簡(jiǎn)述]
本人一直致力于開(kāi)發(fā)基礎(chǔ)性的生物信息學(xué)分析軟件，推動(dòng)學(xué)科的發(fā)展，為生物學(xué)家提供易于使用的軟件，讓計(jì)算分析服務(wù)于高通量的生物學(xué)數(shù)據(jù)，整合生物學(xué)數(shù)據(jù)和知識(shí)，挖掘更深層的生物學(xué)意義。本人所開(kāi)發(fā)的軟件涵蓋生物學(xué)和生物信息學(xué)的多個(gè)領(lǐng)域，同時(shí)也被應(yīng)用于更廣闊的領(lǐng)域中（包括被整合于其它軟件或分析流程中），其中GOSemSim軟件包為首次實(shí)現(xiàn)圖結(jié)構(gòu)算法應(yīng)用于語(yǔ)義相似性度量的R包，文章于2010年發(fā)表在Bioinformatics上，被ESI收錄為高被引論文，SCI引用231次，并廣泛應(yīng)用于多個(gè)生物信息學(xué)分析領(lǐng)域，包括：疾病和藥物分析、基因蛋白功能分析、表達(dá)譜數(shù)據(jù)處理、蛋白質(zhì)相互作用、模體分析和非編碼RNA分析等，未來(lái)我將擴(kuò)展其功能以應(yīng)用于微生物組學(xué)的新基因蛋白的功能預(yù)測(cè)和注釋。clusterProfiler包是目前功能最為豐富的通路分析軟件，支持超幾何模型和基因集富集分析，支持基因本體（支持多個(gè)物種，可在線檢索數(shù)據(jù)）、KEGG代謝通路（使用在線最新數(shù)據(jù)，支持超過(guò)4000個(gè)物種）、Reactome通路、Broad Institute的分子印記數(shù)據(jù)庫(kù)以及用戶自己的注釋文件（新物種電子注釋或者是定制注釋庫(kù)），并提供多種可視化方法輔助結(jié)果解析，文章于2012年發(fā)表于OMICS，是OMICS雜志第一高被引文章，同時(shí)也被ESI收錄為高被引論文，SCI引用455次。
在生態(tài)和進(jìn)化領(lǐng)域，也開(kāi)發(fā)了幾個(gè)具有創(chuàng)新性的軟件，treeio包把各種進(jìn)化樹(shù)文件格式和軟件輸出帶給R社區(qū)，允許用戶使用R的統(tǒng)計(jì)學(xué)功能進(jìn)行后續(xù)的分析和進(jìn)化推斷，并且treeio首次引入了合并樹(shù)的功能，使得不同的進(jìn)化軟件分析結(jié)果得以整合，數(shù)據(jù)的整合為后續(xù)的比較分析和整合分析提供了基礎(chǔ)。ggtree軟件允許多種數(shù)據(jù)整合（包括軟件分析結(jié)果和實(shí)驗(yàn)數(shù)據(jù)）對(duì)進(jìn)化樹(shù)進(jìn)行注釋，開(kāi)創(chuàng)性地在進(jìn)化領(lǐng)域中引入了圖形語(yǔ)法，通過(guò)圖層組合可以容易地產(chǎn)生復(fù)雜的進(jìn)化樹(shù)注釋，ggtree的可視化產(chǎn)生的是可操作的圖形對(duì)象，讓定制、修改、加減圖層等操作易于實(shí)現(xiàn)，ggtree開(kāi)創(chuàng)性地提供了多種可視化功能，包括探索性的可視化操作樹(shù)功能、展示表型數(shù)據(jù)的二維樹(shù)等。根據(jù)Altmetric評(píng)價(jià)系統(tǒng)，ggtree的almetric指數(shù)是327，在所有研究中排名前0.2%，于2017年發(fā)表在Methods in Ecology and Evolution雜志中的排名是31163，被ESI收錄為高被引論文和熱點(diǎn)論文，SCI引用111次。
隨著測(cè)序數(shù)據(jù)通量的快速增長(zhǎng)，新的參考序列也越來(lái)越多，為了解決新序列產(chǎn)生需要重新構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)問(wèn)題（計(jì)算量大），我提出了將新序列插入到已有的進(jìn)化樹(shù)上的算法，該算法利用最大似然法預(yù)測(cè)祖先節(jié)點(diǎn)的序列并應(yīng)用簡(jiǎn)約法尋找新序列的插入位點(diǎn)，并且估計(jì)了新引入分支的支長(zhǎng)。這是首次提出通過(guò)引入新序列而非從頭構(gòu)建進(jìn)化樹(shù)的方法，文章目前正準(zhǔn)備投稿中。
目前基因組拼裝算法不管是基于參考序列還是無(wú)參考序列的從頭拼裝都是針對(duì)單一物種，而無(wú)法解決共感染樣品的拼裝，針對(duì)這一問(wèn)題，我設(shè)計(jì)了利用進(jìn)化樹(shù)指導(dǎo)拼裝的算法，通過(guò)進(jìn)化關(guān)系來(lái)區(qū)分測(cè)序片段，即使是序列相似性很高的病毒株，也能得到很好的區(qū)分。這一方法對(duì)于流感病毒監(jiān)測(cè)具有重要的意義，可以區(qū)分共感染的病毒株，而共感染是產(chǎn)生重組的基礎(chǔ)，也可能由此而產(chǎn)生大暴發(fā)的病毒株。
綜上所述，本人開(kāi)發(fā)的軟件具有開(kāi)創(chuàng)性和基礎(chǔ)性（被應(yīng)用于其它軟件和分析流程中）、受歡迎（下載量大，altmetric指數(shù)高）等特點(diǎn)，相應(yīng)發(fā)表的文章也具有較高的引用（目前有4篇第一作者的文章被ESI收錄為高被引論文，其中一篇為ESI熱點(diǎn)論文，有兩篇文章SCI引用超過(guò)200）。

[科研工作]

[教育背景]

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