上海交通大學(xué)生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院導(dǎo)師：劉琪 正文

　　導(dǎo)師姓名 劉琪 導(dǎo)師性別 女
　　職務(wù)職稱 副教授.
　　所在院系 生命科學(xué)技術(shù)學(xué)院
　　所屬學(xué)科 生物學(xué)
　　研究方向 復(fù)雜疾病的系統(tǒng)生物學(xué)研究 多組學(xué)數(shù)據(jù)的綜合分析方法研究
　　聯(lián)系電話 021-34204348
　　電子郵箱 liuqi@sjtu.edu.cn

　　個(gè)人簡(jiǎn)介
　　一直致力于生物信息學(xué)各個(gè)領(lǐng)域的研究，在跨膜蛋白的拓?fù)漕A(yù)測(cè)、基因芯片的數(shù)據(jù)分析、蛋白質(zhì)相互作用的預(yù)測(cè)、基因調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的重構(gòu)等方面取得了一系列突破性的成果。在Science（29.747）, Cell Research（8.151）, Genome Biology（6.626）, PLOS Computational Biology（5.759）, Bioinformatics（4.926）, BMC Bioinformatics（3.428）, BBRC（2.548）, Computational Biology and Chemistry（1.37），Pattern Recognition Letters（1.303）,Chinese Science Bulletin(0.917), Chinese Journal of Chemistry（0.891）等國(guó)內(nèi)外核心刊物上發(fā)表論文二十余篇，累計(jì)影響因子超過(guò)70點(diǎn)。近五年來(lái)，主要致力于組學(xué)數(shù)據(jù)的綜合分析，蛋白質(zhì)相互作用的預(yù)測(cè)和轉(zhuǎn)錄調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的構(gòu)建等研究。改　　進(jìn)了蛋白質(zhì)相互作用預(yù)測(cè)的方法并用于預(yù)測(cè)鉤端螺旋體賴株蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)，成果發(fā)表在Bioinformatics和Chinese Science Bulletin上。參與分析了所有生物的七次跨膜蛋白，發(fā)現(xiàn)物種的大規(guī)?；驈?fù)制的事件發(fā)生具有非常明顯的周期性，而這些周期性與地質(zhì)紀(jì)年上的大規(guī)模氧氣爆發(fā)事件完全耦合在一起,相關(guān)成果發(fā)表在PLOS Computational Biology上。發(fā)展了綜合ChIP-chip數(shù)據(jù)，表達(dá)譜數(shù)據(jù)和轉(zhuǎn)錄因子敲除數(shù)據(jù)來(lái)構(gòu)建調(diào)控網(wǎng)絡(luò)的方法，相關(guān)成果發(fā)表在Genome Biology, BBRC, 生物化學(xué)與生物物理進(jìn)展，Chinese Journal of Chemistry上。2009年指導(dǎo)大四本科生開展轉(zhuǎn)錄因子協(xié)同關(guān)系的研究，發(fā)展了一種準(zhǔn)確性更高的協(xié)同作用轉(zhuǎn)錄因子識(shí)別方法，成果發(fā)表在Cell Research上。2009至2010年與Merck合作開展研究，申請(qǐng)者將蛋白質(zhì)修飾數(shù)據(jù)和轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)相結(jié)合，發(fā)現(xiàn)那些造成基因表達(dá)譜變化的關(guān)鍵轉(zhuǎn)錄因子，相關(guān)成果發(fā)表在BMC Bioinformatics上。目前承擔(dān)了兩項(xiàng)國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目（編號(hào)：30700154，31070746），并作為生物信息學(xué)方面的負(fù)責(zé)人參與重大研究計(jì)劃（編號(hào)：2009CB918404）和國(guó)家高技術(shù)研究發(fā)展計(jì)劃（編號(hào)：2007AA02Z329）

 

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