中山大學(xué)建校之初即開展了海洋科學(xué)研究。早在1924年，費鴻年教授就開展了南海近岸漁業(yè)資源調(diào)查研究。1928年，中山大學(xué)農(nóng)學(xué)院院長沈鵬飛擔(dān)任領(lǐng)隊，地質(zhì)學(xué)教授朱庭祜先生主持，一行16人乘海瑞號軍艦前往西沙進行實地調(diào)查。這是中國歷史上首次有地質(zhì)學(xué)家前往西沙進行科學(xué)考察。發(fā)表了西沙群島生物資源論文，隨后，西沙群島被國民政治列為中山大學(xué)海洋實習(xí)基地。
近幾十年來，以林浩然院士為首的水生生物學(xué)科在海洋養(yǎng)殖動物繁殖與生長、營養(yǎng)與飼料、病害控制與生態(tài)養(yǎng)殖等領(lǐng)域取得了矚目成績，科研成果成功實現(xiàn)產(chǎn)業(yè)化并已取得顯著的經(jīng)濟效益。已故有機化學(xué)龍康候先生是中國海洋天然產(chǎn)物化學(xué)研究的開拓者與奠基人，曾作為特邀代表出席國際海洋天然產(chǎn)物Gorden會議作大會報告，其摘要刊登在《Science》上，獲得極高的評級。此外，中山大學(xué)也是全國最早開辟河口海岸過程與工程、海洋微生物活性天然產(chǎn)物和海洋生物功能基因等學(xué)科領(lǐng)域的單位之一，與國際發(fā)展基本同步，并已取得了一大批創(chuàng)新成果。中山大學(xué)一直重視海洋學(xué)科的發(fā)展，黃達人老校長提出“中山大學(xué)高舉海洋大旗”，并于2008年6月正式成立了海洋學(xué)院，2016年5月更名為海洋科學(xué)學(xué)院。