臨床獸醫(yī)學(xué)，為學(xué)科為國家重點學(xué)科，臨床獸醫(yī)學(xué)博士、碩士授予點。由獸醫(yī)內(nèi)科學(xué)和診斷學(xué)、獸醫(yī)外科學(xué)和產(chǎn)科學(xué)、中獸醫(yī)學(xué)和動物醫(yī)院等4個三級學(xué)科組成。其中獸醫(yī)內(nèi)科學(xué)、獸醫(yī)外科學(xué)等碩士點是我國建點最早的臨床學(xué)科點之一。該學(xué)科現(xiàn)在是“江蘇省重點學(xué)科”和“國家重點學(xué)科”。在武書連中國大學(xué)排行榜和中國研究生教育排行榜中，多次列全國同類學(xué)科第一
長期以來，本學(xué)科立足學(xué)科發(fā)展前沿和我國獸醫(yī)事業(yè)發(fā)展的需求，凝練學(xué)科方向，拓展研究內(nèi)容，形成了動物營養(yǎng)免疫學(xué)與營養(yǎng)代謝病、動物中毒病與畜產(chǎn)品安全、獸醫(yī)外科病理學(xué)與實驗外科學(xué)、動物生殖與產(chǎn)科疾病、中獸醫(yī)學(xué)與中西獸醫(yī)結(jié)合、小動物疾病等六給具有明顯特色的研究生培養(yǎng)方向。圍繞這些方向，在硒與畜禽免疫及抗病力的關(guān)系、肉雞腹水綜合征發(fā)病機(jī)理及防治、新型多功能生物飼料添加劑、新型綠色真菌毒素脫毒劑等的研究上取得了具有國際水平的創(chuàng)新性成果，為我國動物營養(yǎng)代謝病的防控、食品安全和人類健康作出了貢獻(xiàn)，先后制訂了農(nóng)業(yè)行業(yè)標(biāo)準(zhǔn)2項、江蘇省地方標(biāo)準(zhǔn)8項，獲省部級技術(shù)發(fā)明或科技進(jìn)步獎二等獎。
   本學(xué)科現(xiàn)有教職工31名。其中教授10名、副教授或高級獸醫(yī)師11名；博士生導(dǎo)師8人，碩士生導(dǎo)師6人；具有博士學(xué)位14人；享受國務(wù)院政府特殊津貼專家2人，被授予農(nóng)業(yè)部有突出貢獻(xiàn)中青年專家稱號1人，入選江蘇省“333工程”二層次人才1人，江蘇省“青藍(lán)工程”優(yōu)秀青年骨干教師2人。
學(xué)科一直把人才培養(yǎng)放在重要位置。我校動物醫(yī)學(xué)本科專業(yè)是江蘇省高等學(xué)校品牌專業(yè)，教育部特色專業(yè)，本學(xué)科主要承擔(dān)本科生的臨床教學(xué)和臨床實踐能力的培養(yǎng)任務(wù)，每年培養(yǎng)本科生150人左右。目前本學(xué)科在讀學(xué)術(shù)型碩士生約120名、學(xué)術(shù)型博士生約30名（含外國博士生6名），在讀專業(yè)型碩士和博士生約60名。在教學(xué)任務(wù)成倍增加的同時，學(xué)科注重教學(xué)管理，發(fā)揮學(xué)科優(yōu)勢，加強(qiáng)臨床實踐，提高教學(xué)質(zhì)量，努力為國家和社會培養(yǎng)合格的獸醫(yī)人才。 
學(xué)科設(shè)有“畜禽營養(yǎng)代謝病研究室”、“小動物疾病研究室”和“中西獸醫(yī)結(jié)合研究室”3個校級研究室，已形成了“畜禽營養(yǎng)代謝病”、“畜禽中毒病”、“畜禽骨骼生物學(xué)”、“小動物疾病”、“生殖生物學(xué)與生殖疾病控制”及“中西獸醫(yī)結(jié)合”等具有鮮明特色的穩(wěn)定的研究方向。近年來學(xué)科先后承擔(dān)了國家“973”、“863”、“科技支撐計劃”和“國家自然科學(xué)基金”等國家級項目和多項部、省、市科研項目和國際合作項目，年均經(jīng)費(fèi)在500萬元左右。每年平均在核心期刊上發(fā)表高質(zhì)量的科研論文50多篇，其中SCI收錄論文20多篇。在畜禽營養(yǎng)代謝病及中毒病、中西獸醫(yī)結(jié)合、畜禽骨骼與關(guān)節(jié)疾病及產(chǎn)科病等方面的研究達(dá)到了國內(nèi)領(lǐng)先或國際先進(jìn)水平。先后獲得部省級科技獎12項，國家發(fā)明專利30 多個，國家新獸藥證書2項。
多年來，臨床獸醫(yī)學(xué)科的教師和職工通過獸醫(yī)院及對外服務(wù)，及時解決畜牧生產(chǎn)上的實際問題，其服務(wù)范圍除覆蓋江蘇全省之外，還輻射北至河南、山東、安徽、河北，東至上海、浙江，南至江西、廣西等省，每年平均診療畜禽病例10000例以上，有效防治畜禽頭數(shù)達(dá)500萬頭（羽）以上，為我國畜牧業(yè)的發(fā)展和人類健康作出了重要貢獻(xiàn)。
學(xué)科積極開展國際學(xué)術(shù)交流與合作。近年來，學(xué)科先后有近30人次到國外學(xué)習(xí)進(jìn)修，攻讀博士學(xué)位、考察、合作科研，與美國、日本、加拿大、丹麥、澳大利亞、英國等國的有關(guān)學(xué)校、研究機(jī)構(gòu)經(jīng)常進(jìn)行互訪，國際學(xué)術(shù)交流十分活躍。近十多年來，每年定期舉辦國際獸醫(yī)針灸、中藥培訓(xùn)班，培養(yǎng)了一大批國外中獸醫(yī)人才。
近年來，臨床學(xué)科的教學(xué)、科研基礎(chǔ)條件獲得了明顯改善，目前已擁有熒光PCR儀、氣相色譜、液相色譜、薄層掃描色譜系統(tǒng)、原子熒光分光光度計、生化分析儀、麻醉呼吸機(jī)、麻醉監(jiān)護(hù)儀、硬組織切片機(jī)、萬能材料試驗機(jī)等高尖端科研儀器，擁有CR攝片系統(tǒng)、B超、血流變分析儀、血球分析儀、尿液分析儀、電動骨科器械等先進(jìn)的儀器設(shè)備，為本學(xué)科的進(jìn)一步發(fā)展奠定了堅實的基礎(chǔ)。
與國內(nèi)外同類學(xué)科比較所具有的優(yōu)勢與特色是：① 學(xué)術(shù)團(tuán)隊陣容較為強(qiáng)大，發(fā)展較為均衡，每一個三級學(xué)科帶頭人都有出國經(jīng)歷，在國內(nèi)同行中都有顯著學(xué)術(shù)影響。② 科研基礎(chǔ)條件較好，獲得科研資助經(jīng)費(fèi)較多，發(fā)表SCI論文的數(shù)量和質(zhì)量在國內(nèi)同類學(xué)科中具領(lǐng)先地位。③研究生培養(yǎng)的數(shù)量和質(zhì)量得到國內(nèi)同行公認(rèn)。④ 獸醫(yī)院對外服務(wù)成績突出。